Il tecnico toscano nella passata stagione ha allenato il Novara in serie B portandolo ai play off.
Il Benevento Calcio comunica di aver raggiunto l’accordo con il tecnico Marco Baroni che ha sottoscritto un contratto biennale con il sodalizio giallorosso. Questa la sua carriera da allenatore :
Il 22 giugno 2000 diventa allenatore del suo ultimo club la Rondinella.Nel 2001 allena il Montevarchi, il 7 agosto 2003 approda alla Carrarese.Viene esonerato il 26 aprile 2004 dopo la sconfitta interna, lasciando il club all’ultimo posto. Il 31 maggio 2005 allena il Südtirol e passa il 21 dicembre 2006 all’Ancona dove viene esonerato il 19 marzo 2007. Il 22 giugno prende il ruolo di allenatore della Primavera del Siena, che alla sua seconda stagione conduce per la prima volta nella storia alla finale per il titolo nazionale di categoria.
Il 29 ottobre 2009 è scelto per sostituire l’esonerato Marco Giampaolo sulla panchina della prima squadra senese, ma dopo tre partite dove racimola solo un punto (a parte la vittoria sul Grosseto 2-0 in Coppa Italia) il 23 novembre viene esonerato e sostituito da Alberto Malesani; torna quindi ad allenare la formazione Primavera del club. Il 22 giugno 2010 è nominato dal presidente della Cremonese, Giovanni Arvedi, allenatore della prima squadra per il campionato di Lega Pro Prima Divisione 2010-2011; dopo i non positivi risultati ottenuti (a 6 punti dalla prima) e la sconfitta 0-3 sul campo della Reggiana, il 25 ottobre viene esonerato assieme al suo staff venendo sostituito da Leonardo Acori.
Il 12 luglio 2011 diventa allenatore della formazione Primavera della Juventus; il 20 febbraio 2012 trionfa alla guida dei giovani bianconeri nel Torneo di Viareggio, superando in finale 2-1 la Roma, cui segue il 16 aprile 2013 la vittoria in Coppa Italia Primavera, avendo la meglio sul Napoli nella doppia finale. Il 1º luglio dello stesso anno diventa allenatore della Virtus Lanciano, in Serie B; il 13 giugno 2014 risolve contestualmente il contratto con la società abruzzese. Il 28 dello stesso mese diventa il nuovo tecnico del Pescara; il 16 maggio 2015, a una sola giornata dal termine del campionato, viene sollevato dalla guida tecnica dei biancazzurri, dopo la sconfitta esterna per 2-1 contro il Varese ultimo in classifica, lasciando la squadra, nona in classifica e fuori dalla zona play-off, al tecnico del vivaio abruzzese Massimo Oddo. Il 23 giugno seguente viene scelto come nuovo allenatore del Novara, neopromosso in serie cadetta. A fine stagione, nonostante abbia raggiunto i play-off (dove è stato eliminato dal Pescara, poi promosso in Serie A), non viene confermato sulla panchina del club piemontese.